Tiga fakultas, yaitu Fakultas Sastra (FS), Fakultas Kedokteran (FK), dan Fakultas Kedokteran Hewan dan Peternakan (FKHP) terbentuk pada saat awal berdirinya Universitas Udayana. Universitas Udayana memiliki 13 fakultas, yaitu Fakultas Ilmu Budaya (sebelumnya Fakultas Sastra), Fakultas Kedokteran, Fakultas Hukum, Fakultas Peternakan, Fakultas Teknik, Fakultas Ekonomi, Fakultas Pertanian, Fakultas MIPA, Fakultas Kedokteran Hewan, Fakultas Teknologi Pertanian, Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, Fakultas Pariwisata, serta Fakultas Kelautan dan Perikanan.

Sedangkan Pascasarjana Universitas Udayana dirintis dan didirikan berdasarkan kebutuhan yang semakin mendesak untuk meningkatkan sumber daya manusia (SDM) khususnya tenaga pendidik, baik di lingkungan Universitas Udayana maupun di luar Universitas Udayana. Pascasarjana Universitas Udayana dirintis tahun 1992, diawali dengan pembukaan Program Studi (Prodi) Strata Dua (Magister) Linguistik dengan SK Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 431Dikti/Kep/1992 tanggal 6 Oktober 1992. Prodi Linguistik ini merupakan cikal bakal Pascasarjana di Universitas Udayana yang waktu itu diketuai oleh Prof. Dr. I Wayan Bawa.

Setelah berdiri Program Magister Linguistik, selanjutnya diusulkan Prodi Doktor Linguistik, yang juga Prodi Doktor pertama di Universitas Udayana. Program Doktor Linguistik Universitas Udayana didirikan dengan SK Dirjen Dikti Nomor 300/Dikti/Kep/1998. Seiring dengan kemajuan pendidikan dan Ipteks di berbagai bidang, saat ini Universitas Udayana memiliki 28 Prodi Magister (S2) dan 14 Prodi Doktor (S3), sembilan Prodi Profesi, 22 Program Pendidikan Dokter Spesialis (PPDS). Program Doktor merupakan pendidikan akademik yang diperuntukkan bagi lulusan program magister atau sederajat, dan dimaksudkan untuk mengembangkan dan memantapkan mahasiswa menjadi lebih bijaksana dengan meningkatkan kemampuan dan kemandirian sebagai filosof, intelektual, ilmuwan yang berbudaya, dan menghasilkan dan mengembangkan teori melalui penelitian yang komprehensif dan akurat untuk memajukan peradaban manusia (UU DIKTI 12/2012). Sedangkan Program Magister merupakan pendidikan akademik yang diperuntukkan bagi lulusan program sarjana atau sederajat untuk dikembangkan menjadi intelektual, ilmuwan yang berbudaya sehingga mampu mengamalkan dan mengembangkan Ilmu Pengetahuan dan/atau Teknologi melalui penalaran dan penelitian ilmiah, mampu memasuki dan/atau menciptakan lapangan kerja serta mengembangkan diri menjadi profesional (UU DIKTI 12/2012).

Berdasarkan Permenristekdikti No. 30 Tahun 2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Udayana, disertai SK Rektor No. 592/UN14/PP.03.01/2016 pada Desember 2016, maka Prodi Magister dan Doktor Pascasarjana yang monodisiplin dikelola secara administratif di Fakultas masing-masing. Prodi Magister dan Doktor Pascasarjana yang multidisiplin tetap berada di bawah Pascasarjana Unud, sebanyak enam prodi multidisiplin sebagai berikut :

• Doktor Ilmu Lingkungan (SK KemenRistek Dikti No.90/KPT/I/2016)
• Magister Ergonomi Fisiologi Kerja (SK Dirjen Dikti No.402/DIKTI/Kep/1995)
• Magister Ilmu Lingkungan (SK Dirjen Dikti No.1866/D/T/2001)
• Magister Hukum Kesehatan (SK Kemendikbudristek No:696/E/O/2022)
• Magister Pembangunan dan Keuangan Berkelanjutan (SK Kemendikbudristek No: 471/E/O/2023)
• Magister Administrasi Rumah Sakit (SK Mendiktisaintek No: 868/B/O/2025)
• Program Profesi Insinyur (SK KemenRistek Dikti No. 403/KPT/I/2017)

Berdasarkan SK Dirjendikti Kemendikbud mengenai pendirian S2 Linguistik dan Permendristekdikti tentang OTK Unud, maka dibuatlah SK Rektor Unud tentang Pendirian Pascasarjana Universitas Udayana no. 565/UN14/HK/2019. Sampai dengan 16 Oktober 2000, semua kegiatan Pascasarjana Universitas Udayana dikoordinasikan oleh Prof. Dr. I Ketut Nehen, S.E., M.Sc. selaku Pembantu Rektor I Universitas Udayana. Nama-nama Pimpinan Pascasarjana Universitas Udayana dari masa ke masa disajikan pada tabel berikut :

Struktur Pimpinan Pascasarjana Universitas Udayana

Periode I (2000-2004)

Periode II (2004-2008)

Periode III (2009-2013)

Periode IV (2013-2017)

Periode V (2017-2021)

Periode VI (2021-2023)

Periode VII (2023-2025)

Periode VIII (2025-Sekarang)